Antes de Tomás de Aquino, el pensamiento occidental había estado dominado por la filosofía de san Agustín, el gran Padre y Doctor de la Iglesia occidental durante los siglos IV y V, quien consideraba que en la búsqueda de la verdad se debía confiar en la experiencia de los sentidos. A principios del siglo XIII las principales obras de Aristóteles estuvieron disponibles en una traducción latina de la Escuela de traductores de Toledo, acompañadas por los comentarios de Averroes y otros eruditos islámicos. El vigor, la claridad y la autoridad de las enseñanzas de Aristóteles devolvieron la confianza en el conocimiento empírico, lo que originó la formación de una escuela de filósofos conocidos como averroístas. Bajo el liderazgo de Siger de Brabante, los averroístas afirmaban que la filosofía era independiente de la revelación.
La Lógica ha de regular los actos de la razón humana de tal modo que el hombre en su actividad pensante pueda avanzar ordenadamente con facilidad y sin error. La Lógica está en el extremo de la clasificación filosófica y debe ser estudiada en primer lugar, pues es la enseñanza del método, la que enseña el procedimiento metódico a todas las ciencias en general.
La filosofía real, la philosophia naturalis en sentido lato, que tiene que tratar del ser real, es articulada por Santo Tomás, de conformidad con Aristóteles y Boecio, en tres ciencias según las escalas y grados de la abstracción. Las cosas de la Naturaleza pueden ser consideradas con todas sus propiedades sensibles, empíricas. Esto es la materia de la philosophia naturalis en sentido estricto. Su objeto es el ens mobile.
La Filosofia natural de Santo Tomás está caracterizada ante todo por
la teoría, por él más ampliamente concebida, de la primera materia (materia
prima) y la forma substancial. Santo Tomás es de todos los escolásticos el que
ha comprendido de modo más profundo el espíritu del hilemorfismo aristotélico;
él amplió la doctrina de Aristóteles uniendo al pensamiento principal
peripatético elementos neoplatónicos y agustinianos, si bien en medida
secundaria. Cada uno de los seres de la Naturaleza, desde el mundo inorgánico
hasta el hombre, es una síntesis de materia y forma. Frente a la escuela
franciscana, que hasta en los seres espirituales veía una composición de
materia y forma, Santo Tomás considera los seres espirituales como simples
formas subsistentes y los puros espíritus que no están unidos a la Naturaleza
por ningún cuerpo como formas separadas (formae, substantiae separatae). La
materia primera es el substratum, indeterminado y capaz de todas las
determinaciones, que hay en todas las cosas de la Naturaleza, el sujeto
permanente de las formaciones y desarrollos que tienen lugar en el curso de la
Naturaleza; es la pura pero real potencialidad de toda la naturaleza física. La
materia, como pura potencia, no tiene existencia propia sino mediante la forma
de ser que va unida a ella. Santo Tomás, acentuando la pura potencialidad y
pasividad de la materia prima, rechaza la concepción representada por San
Buenaventura y por la escolástica franciscana de que en la materia están
contenidos los gérmenes reales (rationes seminales) de las sucesivas formas de
ser desarrolladas por las causas eficientes. La materia prima, que es
indeterminada, se determina, mediante la forma substancial, en las diversas
especies de seres de la Naturaleza.
De la espiritualidad y subsistencia del alma humana se sigue también su indestructibilidad e inmortalidad. Por tener el alma humana un ser subsistente, no acaba aunque lo que con ella está unido, es decir, el cuerpo, sea destruido. A esta consideración de carácter ontológico se añade un argumento psicológico. Es inherente al alma humana el deseo natural de existir siempre. Tal aspiración no puede ser una ilusión vana. Por tanto, el alma del hombre es inmortal.
